Virológia, sérológia a molekulárna biológia

Laboratóriá virológie, sérológie a molekulárnej biológie zabezpečujú komplexnú diagnostiku infekčných ochorení. Zameriavajú sa na priamu ako aj nepriamu diagnostiku pôvodcov infekčných ochorení. Hlavným poslaním  virológie a molekulárnej biológie je identifikácia patogénu na úrovni nukleových kyselín, a teda priamy dôkaz prítomnosti vírusov v závislosti od prítomnosti DNA alebo RNA v klinickom materiáli pacienta. Sérológia je zameraná na dôkaz protilátok, teda nepriamu diagnostiku. Prináša však komplexný obraz o prekonanej infekcii, prípadne o jej štádiu a vývoji. Poskytuje dôležité informácie v liečbe pacienta.   

Práve tieto laboratóriá dnes zohrávajú veľmi dôležitú úlohu v rámci diagnostiky SARS-CoV-2  metódou polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). Na testovanie SARS CoV2 sme boli pripravení medzi prvými a ako jediné laboratórium na Slovensku sme vybudovali diagnostickú kapacitu na testovanie Covid-19 v počte viac ako 2 000 testov denne. 

Aj keď diagnostika SARS-CoV-2 vyžaduje špeciálne upravené laboratórium, už koncom januára sme predpokladali, že ochorenie sa rozšíri aj do Európy a bude ho treba diagnostikovať aj na Slovensku. Vďaka tejto prezieravosti sme už v polovici marca 2020 boli pripravení na testovanie. Aktuálne, v rámci diagnostiky ochorenia Covid-19, stanovujeme vírusovú RNA metódou rt-PCR, ktorá identifikuje prítomnosť vírusovej RNA vo vzorkách z dýchacích ciest a je jedinou WHO odporúčanou metódou na dôkaz prítomnosti vírusu.

Okrem priameho dôkazu prítomnosti vírusu stanovujeme aj prítomnosť špecifických protilátok proti SARS-CoV-2, či už ako dôkaz celkových protilátok alebo jednotlivých tried (IgG, IgA, IgM).

V našich laboratóriách zabezpečujeme základnú aj nadstavbovú diagnostiku a disponujeme najmodernejším prístrojovým vybavením. 

Vybrané sérologické testy sú súčasťou automatickej linky Aptio, kde analyzujeme okrem iných aj bežné predoperačné parametre, ako sú HBsAg, HIV, protilátky proti vírusovej hepatitíde C a syfilisu. Aj vďaka tomu sú výsledky testov lekárovi k dispozícii už do 24 hodín od odberu a je ich možné vyšetriť z jednej spoločnej vzorky s biochémiou. Metódami enzýmovej imunoanalýzy vyšetrujeme prítomnosť lokálnej tvorby protilátok pri diagnostike infekcií centrálnej nervovej sústavy a pri očných infekciách. Zabezpečujeme diagnostiku a monitorovanie úspešnosti liečby u pacientov s vírusovými hepatitídami B a C a HIV pozitívnych pacientov. 

Na diagnostiku infekcií u kriticky chorých pacientov využívame aj multiplex PCR panely. Týmito diagnostickými súpravami vyšetrujeme prítomnosť nukleovej kyseliny (DNA respektíve RNA) najčastejších pôvodcov infekcií centrálnej nervovej sústavy (14 patogénov), horných (21 patogénov) aj dolných dýchacích ciest (26 patogénov plus 7 génov rezistencie na antibiotiká) do 1,5 hodiny od príjmu vzorky. 

Príkladom diagnostiky "všetko pod jednou strechou" je diagnostika HPV infekcie zo steru krčka maternice. Z jedného odberu tzv. tekutej cytológie (z anglického LBC/ Liquid Based Cytology) je pacientke v prvom kole urobená cytologická diagnostika. V prípade pozitívneho výsledku je z tej istej vzorky vyšetrená prítomnosť human papilomavirusu (HPV) dôkazom DNA vírusu. V prípade pozitívneho výsledku vieme opäť z tej istej vzorky vyšetriť aj mRNA, ktorá vypovedá nielen o prítomnosti, ale aj o aktivite HPV vírusu.

Ponuku analýz možno rozdeliť na virologickú sérológiu a PCR, bakteriologickú sérológiu a PCR a parazitologickú sérológiu a PCR.

Zoznam testov


HPV diagnostika

HPV (Human papilloma vírus) je malý DNA vírus. V súčasnosti je popísaných asi 120 rôznych typov HPV, z ktorých 15 – 20 je asociovaných s cervikálnymi neopláziami. Onkogénnym charakterom sa vyznačujú tzv. vysokorizikové typy HPV, medzi ktoré sa zaraďujú nami vyšetrované typy 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68. Prítomnosť týchto typov vyšetrujeme na rôznych úrovniach pomocou molekulovo-genetických metód: 

  1. Dôkaz vysokorizikových HPV metódou identifikácie na úrovni DNA
    • HPV DNA test predstavuje kvalitatívny test založený na detekcií vírusovej DNA zo sterov z krčka maternice. Test deteguje 14 známych hrHPV typov (16, 18, 31,33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68), pričom dokáže presne určiť prítomnosť typov HPV 16 a HPV 18 a ostatných 12 typov deteguje ako prítomné alebo neprítomné bez bližšej špecifikácie. 
  2. Dôkaz vysokorizikových HPV metódou identifikácie na úrovni mRNA
    • HPV mRNA test predstavuje kvalitatívny test na detekciu expresie mRNA vírusových onkogénov E6 a E7, ktoré regulujú bunkové delenie v súvislosti s hrHPV infekciou. Test deteguje 14 vysokorizikových typov HPV (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68).  Umožňuje detegovať trvalú (perzistentnú) infekciu, čo znamená, že je prakticky istý karcinogénny efekt HPV infekcie.
  3. Genotypizácia HPV 
    • Test genotypizácie HPV je určený na rýchlu, jednoduchú a spoľahlivú identifikáciu prítomnosti konkrétneho typu, respektíve súbežnú prítomnosť viacerých typov HPV. Zároveň paralelne a špecificky deteguje 32 vysokorizikových HPV typov a nízkorizikových HPV typov – zodpovedných za vznik benígnych foriem zmien tkaniva krčka maternice a genitálnych bradavíc v anogenitálnej oblasti. 

Indikácia:

  • pri atypickom PAP náleze možnosť potvrdenia/vyvrátenia prítomnosti HR-HPV v sliznici krčka maternice, ktorý by v prípade pozitívneho nálezu mohol byť príčinou nádorového bujnenia,
  • monitorovanie prítomnosti zostatkovej infekcie HPV po konizácii krčka maternice.